关于自闭症的病因，这是个谜团，目前全世界对自闭症的成因都不是很清楚，我们相信，任何一个疾病都是遗传因素和环境因素相互作用的结果，但目前相对来说，对遗传因素的研究较多，有一些重要的发现，，但要真正揭开自闭症遗传病因，依然还有很长的路要走。在环境因素方面，学者们也提出了各种假设，但目前没有一致性的研究结论。

值得一提的是“疫苗假说”。

1998年2月，著名的医学学术期刊《柳叶刀》（Lancet）上刊登了一篇跟自闭症有关的文章，文章作者是英国皇家自由医院（Royal Free Hospital）的医生安德鲁·维克菲尔德（Andrew Wakefield）。

该文章研究了12个自闭症小孩，其中有8个孩子的父母表示，他们的孩子在接种了MMR疫苗之后，行为变得有些奇怪，并伴有结肠炎的症状。

（麻疹（measle）、风疹（rubella）、流行性腮腺炎（mumps），这三种流行病，在英国国家医疗健康系统（NHS，National Healthcare System）中，有基础、免费的疫苗予以保护。三种疫苗放在一起，分别在孩子1岁、3-5岁时接种，统称MMR疫苗。） 

维克菲尔德遂将其命名为“自闭症结肠炎”，认为同时接种MMR疫苗会使免疫系统“过载”，导致结肠炎，和可能一系列的自闭症谱系障碍，并在新闻发布会上对媒体公开表示，“应该暂停三种疫苗的同时接种。” 

但是后来自闭症和疫苗领域的相关研究者投入大量经费研究发现，除了维克菲尔德自己，没有任何一个研究表明自闭症和疫苗之间的因果关系。

当时这个事件在全世界引起一片哗然，安德鲁·维克菲尔德的研究也根本不能证明自闭症与环境因素之间存在因果关系。并且后来这篇文章又被查出学术造假，从而否定了疫苗与自闭症相关的学说。